I finanziamenti a gestione indiretta, detti Fondi strutturali, sono chiamati ad attuare il principio di coesione economica e sociale all’interno della Comunità. Il rapporto tra la Commissione Europea che eroga i fondi e il beneficiario finale pertanto non è diretto, bensì è mediato dalle autorità nazionali, regionali o locali. Ad esse spetta infatti il compito di programmare gli interventi sui territori amministrati, emanare i bandi, selezionare e gestire i progetti pervenuti, erogare le rispettive risorse.

• Convergenza e competitività
• Competitività regionale e occupazionale
• Cooperazione territoriale europea

attraverso 3 strumenti finanziari:

• Fondo Europeo di Sviluppo Regionale (FESR)
• Fondo Sociale Europeo (FSE)
• Fondo di Coesione

La dotazione finanziaria assegnata alla politica regionale per il periodo 2007-2013 è pari a circa 348 miliardi di euro, di cui 278 miliardi destinati ai Fondi strutturali e 70 al Fondo di coesione. Tale importo rappresenta il 35% del bilancio comunitario, ovvero la seconda voce di spesa.

La Regione Marche può beneficiare solo dei fondi assegnati agli obiettivi "Competitività regionale e occupazione" e "Cooperazione territoriale europea". (In Italia solo le regioni Campania, Puglia, Calabria e Sicilia possono beneficiare dei fondi assegnati all’obiettivo Convergenza e Competitività).

Competitività regionale e occupazione

Il piano finanziario previsto a favore dell’obiettivo Competitività regionale e occupazione (ex Obiettivo 2 della programmazione 2000-2006) per l'intero periodo di programmazione 2007-2013 ammonta a 288.801.634 euro.

Il Piano Operativo Regionale (POR) Fesr 2007-2013 Marche, che è il documento di programmazione per l’utilizzo dei Fondi Strutturali Europei integrati da quelli del Ministero dell’Economia e delle Finanze e da quelli della Regione Marche, è stato approvato dalla Commissione Europea con decisione C(2007) 3986 dell’17 agosto 2007, e si articola in sei assi di intervento:

Asse 1 “Innovazione ed economia della conoscenza”
Asse 2 “Società dell'informazione”
Asse 3 “Efficienza energetica e promozione delle energie rinnovabili”
Asse 4 “Accessibilità ai servizi di trasporto”
Asse 5 “Valorizzazione dei territori”
Asse 6 “Assistenza tecnica”  

Cooperazione territoriale europea

Nella programmazione comunitaria 2007-2013, l’Iniziativa Comunitaria Interreg è stata sostituita dall´Obiettivo Cooperazione territoriale europea, finanziato dal Fondo Europeo di Sviluppo Regionale (FESR), che si suddivide in tre tipi di Programmi:

1) Cooperazione Transfrontaliera sostiene lo sviluppo di attività economiche e sociali tra aree geografiche confinanti. La Regione Marche è interessata al Programma IPA Adriatico.

2) Cooperazione Transnazionale, sostiene prevalentemente l’innovazione tecnologica, l’ambiente e la prevenzione dei rischi, la mobilità, lo sviluppo urbano sostenibile. La Regione Marche partecipa a due Programmi transnazionali: EUROPA SUD ORIENTALE (SEE) e MEDITERRANEO (MED)

3) Cooperazione Interregionale riguarda due temi: l’innovazione e l’economia della conoscenza; l’ambiente e la prevenzione dei rischi. Il programma riguarda tutto il territorio europeo con il programma INTERREG IVC

Questi programmi sono gestiti da Autorità appositamente individuate e situate in diversi paesi europei.
Strettamente collegati alla cooperazione territoriale europea sono le relazioni esterne con i paesi dell'area balcanica e con i territori della sponda Sud del Mediterraneo.
Per queste aree sono operativi specifici strumenti finanziari europei istituiti nell'ambito della Politica di Pre-Adesione (IPA) e di Vicinato (ENPI).

Altri tre Programmi a supporto della Cooperazione territoriale, sono invece gestiti direttamente dalla Commissione Europea:
- ESPON 2013 prevede la realizzazione di studi, raccolta dati e analisi delle tendenze di sviluppo del territorio comunitario;
- INTERACT II finanzia azioni per migliorare e armonizzazione strumenti e procedure di gestione dei programmi della Cooperazione territoriale europea;
- URBACT II promuove scambi di esperienze per diffondere le buone pratiche sui temi dello sviluppo urbano sostenibile;

Rispetto alla fase precedente 2000-2006, inoltre, sono state istituite tre nuove iniziative volte a creare prospettive d’investimento e crescita economica nelle regioni dell’UE avvalendosi del contributo delle istituzioni finanziarie internazionali per la realizzazione dei nuovi programmi a favore della politica di coesione.
Le cosiddette “tre J”:

• JASPER (Joint Assistance in Supporting Projects in European Regions – Assistenza congiunta a sostegno di progetti nelle regioni europee)
• JEREMIE (Joint European Resources for Micro to Medium Enterprises – Risorse europee congiunte per le micro, le piccole e le medie imprese)
• JESSICA (Joint European Support for Sustainable Investment in City Areas – Sostegno europeo.congiunto per investimenti sostenibili nelle aree urbane).